El valle del Río Huasco, transita entre las altas cumbres de la Cordillera de Los Andes y el Océano Pacífico, pasando por distintas formaciones vegetacionales que caracterizan tanto sus paisajes como los usos productivos que las distintas culturas han dado a este territorio.
El río Huasco se forma con las aguas de Río Tránsito y del Río Carmen. Antes de llegar al mar, el río recoge las aguas de 8 acuíferos que son formaciones geológicas capaces de almacenar agua.
Todo lo que sucede aguas arriba permite la existencia del humedal y repercute en la desembocadura del río Huasco.