La región de Atacama cuenta con cuatro Parques Nacionales, una Reserva Nacional, cuatro Santuarios de la Naturaleza y un total de 43 Sitios Prioritarios para la Conservación. Entre estas áreas el proyecto se centra en los Parques Nacionales y la Reserva Nacional Pingüino de Humboldt.
El Parque Nacional Desierto Florido fue anunciado por el Presidente Gabriel Boric en 2022 y creado el año 2023. Se ubica a 30 km al sur de Copiapó y 80km al norte de Vallenar. El nuevo parque cuenta con el estándar de protección más alto del país, y tiene como objetivo principal conservar y proteger el Desierto Florido de los llanos. Su característica principal es la manifestación florística que ocurre en el lugar, cuando las lluvias superan le umbral necesario y emergen plantas de variadas características y flores multicolores.
El fenómeno presenta un alto valor biológico, destacando por la gran cantidad de especies endémicas que alcanzarían un número superior a las 300, identificándola como una zona de alto valor genético de interés mundial.
El Parque Nacional Llanos de Challe cuenta con una superficie de 45.708 hectáreas. Fue creado el año 1994 con la finalidad de proteger la formación vegetal Desierto Costero de Huasco. La flora del parque está constituida por más de 220 especies distintas: 206 son nativas de Chile y 14 son endémicas, y que sólo se pueden encontrar en la Región de Atacama. El parque además es refugio de múltiples especies con problemas de conservación y actualmente alberga 2 especies en peligro de extinción: la Garra de León y la Napina, así como 14 otras especies en categoría de vulnerables.
El Parque Nacional Nevado de Tres Cruces está ubicado en la Región de Atacama, en las comunas de Copiapó y Tierra Amarilla, y se divide en dos sectores: El Sector de la Laguna Santa Rosa al Norte, y el de la Laguna del Negro Francisco en el sector Sur. La Unidad posee 59.081,87 hectáreas y fue creado el año 1994.
El parque es visitado tanto por turistas nacionales como internacionales y andinistas que acceden a la ruta de los seismiles, que cuenta a entre sus cumbres al Volcán Nevado Ojos del Salado, el más alto del mundo.
El Parque Nacional Pan de Azúcar fue creado el año 1985 y es el más antiguo de la región. El parque posee una superficie total de 43.754 hectáreas, de las cuales 11.790 se encuentran en la Región de Antofagasta, y las restantes 31.964 en la Región e Atacama, correspondiendo 110 hectáreas a un sector insular, formado por la isla Pan de Azúcar, los islotes Las Chatas, y rocas emergentes denominadas Las Mariposas. Una particularidad de este parque es que posee ambientes marinos y terrestres, por lo que la fauna es diversa y abundante.
La Reserva Nacional Pingüino de Humboldt fue creada el año 1990 y se ubica en las regiones de Atacama y Coquimbo, comprendiendo 888,68 hectáreas. La flora y fauna de la reserva son variadas y con características que las hacen únicas, especialmente por su endemismo. Existen 59 especies de plantas vasculares y 68 especies de vertebrados terrestres. Entre los mamíferos de la reserva se encuentran el chungungo, el lobo marino de un pelo y el lobo marino de dos pelos. Las aves son las más abundantes, y entre ellas se encuentra el Pingüino de Humboldt, el ato Yunco, el pato Lile y el Guanay, todas especies protegidas y en categorías de conservación. Entre los mamíferos marinos se encuentran los delfines de Nariz de Botella, ballenas y cachalotes.
