El origen de la computación en las humanidades se remonta a 1949 cuando el académico jesuita Roberto Busa, trabajando colaborativamente con IBM, emprendió la creación del Index Thomisticus, un índice de concordancias de las obras completas de Santo Tomás de Aquino y autores relacionados. Por medio de aquellos usos tempranos de computadores centrales para automatizar tareas como localizar términos, clasificar, contar y listar, los académicos podrían procesar obras en una escala impensada en comparación a métodos anteriores que se basaban en índices de cartas escritas a mano o en máquina. Este proyecto es considerado como el origen de las HD, ya que es la primera vez que se aplicó el uso del cómputo en el quehacer humanístico.
Otros proyectos iniciales incluyen a Computers and the Humanities, la primera revista especializada en el área (1966). Luego, se fundó la Association for Literary and Linguistic Computing (ALLC), junto con la Association for Computers and the Humanities (ACH) en 1978.
A mediados de 1980 los métodos computacionales para el análisis lingüístico se habían extendido de tal forma que se vió la necesidad de contar con protocolos para etiquetar textos digitales. Esto impulsó el desarrollo de la Text Encoding Iniciative (TEI), conduciendo a la edición digital en Extensible Markup Language (XML). Los primeros experimentos en humanidades con estructuras de bases de datos y edición hipertextual alrededor de enlaces y nodos datan de este periodo.
La explosión de la computación personal en la misma época combinada con el inicio de la WWW una década más tarde, dió lugar a nueva generación de proyectos en HD menos centrados en el texto y más enfocados en el diseño.
Actualmente las HD buscan revitalizar la tradición de las Humanidades en el siglo XXI, formalizarse como campo de investigación y actividad académica transformando el contenido, alcance, metodologías y audiencia de la investigación humanística a través de herramientas computacionales.